Table S1. Information on the large data set from sibling embryos used for the quantitative analysis.
Embryo index Fix. time (h) Probes Measured? LAP (um) LPp (um) S_index LH (um) LT (um) LO (um) DNA (blue) hh (green) not/ptc (red) Merge Intensity_profile
00h_hh_not_1 0 hh_not 0
00h_hh_not_2 0 hh_not 0
00h_hh_not_3 0 hh_not 0
00h_hh_not_4 0 hh_not 0
00h_hh_not_5 0 hh_not 0
00h_hh_ptc_1 0 hh_ptc 0
00h_hh_ptc_2 0 hh_ptc 0
00h_hh_ptc_3 0 hh_ptc 0
00h_hh_ptc_4 0 hh_ptc 0
02h_hh_not_1 2 hh_not 0
02h_hh_not_2 2 hh_not 0
02h_hh_not_3 2 hh_not 0
02h_hh_not_4 2 hh_not 0
02h_hh_not_5 2 hh_not 0
02h_hh_ptc_1 2 hh_ptc 0
02h_hh_ptc_2 2 hh_ptc 0
02h_hh_ptc_3 2 hh_ptc 0
02h_hh_ptc_4 2 hh_ptc 0
02h_hh_ptc_5 2 hh_ptc 0
04h_hh_not_1 4 hh_not 0
04h_hh_not_2 4 hh_not 0
04h_hh_not_3 4 hh_not 0
04h_hh_not_4 4 hh_not 0
04h_hh_ptc_1 4 hh_ptc 0
04h_hh_ptc_2 4 hh_ptc 0
04h_hh_ptc_3 4 hh_ptc 0
04h_hh_ptc_4 4 hh_ptc 0
04h_hh_ptc_5 4 hh_ptc 0
06h_hh_not_3 6 hh_not 1 396 1240 -1.64677 49 175 172
06h_hh_ptc_2 6 hh_ptc 1 352.7 1077 -1.6105 56 226 70.7
06h_hh_not_1 6 hh_not 1 409.4 1238 -1.59643 37 239 133.4
06h_hh_ptc_1 6 hh_ptc 1 387 1005 -1.37679 53 288 46
06h_hh_ptc_4 6 hh_ptc 1 396.2 993 -1.32556 52 195 149.2
06h_hh_ptc_3 6 hh_ptc 1 393.4 970 -1.30199 53 192 148.4
06h_hh_not_2 6 hh_not 1 421.1 1029 -1.28901 51 219 151.1
10h_hh_ptc_5 10 hh_ptc 1 426.7 997 -1.22437 71 241 114.7
08h_hh_ptc_2 8 hh_ptc 1 424.1 934 -1.13902 52 220 152.1
08h_hh_not_2 8 hh_not 1 460.5 1014 -1.13878 49 210 201.5
10h_hh_not_2 10 hh_not 1 485.5 1054 -1.11833 93 221 171.5
08h_hh_ptc_5 8 hh_ptc 1 439.1 922 -1.07022 55 234 150.1
08h_hh_not_4 8 hh_not 1 456.5 949 -1.05579 88 225 143.5
06h_hh_not_5 6 hh_not 1 534.3 1055 -0.98152 67 215 252.3
06h_hh_not_4 6 hh_not 1 472.7 929 -0.97475 62 262 148.7
10h_hh_ptc_2 10 hh_ptc 1 484 819 -0.75886 74 218 192
08h_hh_not_5 8 hh_not 1 518.2 870 -0.74751 72 257 189.2
10h_hh_not_5 10 hh_not 1 530.3 876 -0.72412 90 203 237.3
08h_hh_not_1 8 hh_not 1 488.7 781 -0.67637 72 250 166.7
10h_hh_ptc_1 10 hh_ptc 1 545.2 858 -0.65419 101 235 209.2
10h_hh_not_1 10 hh_not 1 521.5 812 -0.63881 87 228 206.5
12h_hh_not_5 12 hh_not 1 476.7 725 -0.6049 90 212 174.7
08h_hh_ptc_3 8 hh_ptc 1 547.1 829 -0.59957 89 303 155.1
08h_hh_ptc_1 8 hh_ptc 1 477.7 710 -0.57171 100 263 120
08h_hh_not_3 8 hh_not 1 536.3 761 -0.50486 95 257 184.3
10h_hh_not_3 10 hh_not 1 527.5 745 -0.49807 89 259 179.5
12h_hh_not_4 12 hh_not 1 488.4 658 -0.43002 90 196 202.4
08h_hh_ptc_4 8 hh_ptc 1 524.8 704 -0.42381 96 244 184.8
10h_hh_ptc_4 10 hh_ptc 1 600 706 -0.23471 128 262 210
12h_hh_ptc_4 12 hh_ptc 1 529 581 -0.13527 125 239 165
12h_hh_ptc_3 12 hh_ptc 1 528 569 -0.10789 94 253 181
10h_hh_ptc_3 10 hh_ptc 1 550 580 -0.07662 142 271 137
10h_hh_not_4 10 hh_not 1 626 600 0.0612 133 309 184
12h_hh_ptc_2 12 hh_ptc 1 590 537 0.13579 132 261 197
12h_hh_not_2 12 hh_not 1 592 530 0.1596 130 256 206
12h_hh_not_1 12 hh_not 1 571 503 0.18293 162 280 129
12h_hh_not_3 12 hh_not 1 617 528 0.22473 129 288 200
12h_hh_ptc_5 12 hh_ptc 1 587 468 0.32685 145 241 201
14h_hh_ptc_1 14 hh_ptc 1 593 468 0.34152 146 266 181
12h_hh_ptc_1 12 hh_ptc 1 608 478 0.34706 170 281 157
14h_hh_ptc_2 14 hh_ptc 1 641 487 0.3964 159 277 205
16h_hh_ptc_2 16 hh_ptc 1 651 428 0.60505 160 312 179
14h_hh_ptc_5 14 hh_ptc 1 666 418 0.67202 176 284 206
14h_hh_not_4 14 hh_not 1 699 430 0.70096 197 310 192
14h_hh_not_5 14 hh_not 1 757 451 0.74717 197 284 276
14h_hh_not_3 14 hh_not 1 731 427 0.77564 187 308 236
14h_hh_ptc_4 14 hh_ptc 1 717 415 0.78886 196 303 218
16h_hh_not_4 16 hh_not 1 738 402 0.87643 218 300 220
16h_hh_not_5 16 hh_not 1 755 405 0.89855 214 324 217
14h_hh_not_1 14 hh_not 1 780 407 0.93845 233 312 235
14h_hh_not_2 14 hh_not 1 772 382 1.01503 224 345 203
16h_hh_not_2 16 hh_not 1 814 362 1.16904 210 336 268
16h_hh_not_3 16 hh_not 1 906 351 1.36804 276 366 264
18h_hh_not_5 18 hh_not 1 964 364 1.40509 286 407 271
16h_hh_ptc_4 16 hh_ptc 1 903 333 1.4392 288 360 255
14h_hh_ptc_3 14 hh_ptc 1 859 312 1.46111 272 369 218
16h_hh_not_1 16 hh_not 1 931 337 1.46603 282 397 252
20h_hh_ptc_3 20 hh_ptc 1 903 326 1.46985 270 372 261
16h_hh_ptc_1 16 hh_ptc 1 904 310 1.54405 289 377 238
18h_hh_ptc_2 18 hh_ptc 1 968 296 1.70941 296 390 282
16h_hh_ptc_5 16 hh_ptc 1 992 302 1.71579 326 386 280
18h_hh_not_1 18 hh_not 1 945 273 1.79141 300 395 250
16h_hh_ptc_3 16 hh_ptc 1 973 276 1.81777 300 408 265
18h_hh_ptc_4 18 hh_ptc 1 971 272 1.83586 306 416 249
18h_hh_not_2 18 hh_not 1 1004 275 1.86826 319 395 290
20h_hh_not_3 20 hh_not 1 1095 299 1.87271 312 438 345
18h_hh_ptc_1 18 hh_ptc 1 1029 279 1.88291 323 417 289
18h_hh_ptc_5 18 hh_ptc 1 1038 280 1.89031 334 409 295
20h_hh_ptc_2 20 hh_ptc 1 1017 268 1.92401 328 422 267
18h_hh_not_4 18 hh_not 1 1007 262 1.94242 339 399 269
18h_hh_ptc_3 18 hh_ptc 1 1013 258 1.97319 344 389 280
18h_hh_not_3 18 hh_not 1 1098 269 2.0292 369 468 261
20h_hh_ptc_4 20 hh_ptc 1 1068 260 2.03833 352 420 296
20h_hh_not_4 20 hh_not 1 1062 254 2.06388 333 431 298
20h_hh_ptc_1 20 hh_ptc 1 1065 250 2.09085 354 476 239
20h_hh_ptc_5 20 hh_ptc 1 1099 239 2.20111 384 438 277
20h_hh_not_5 20 hh_not 1 1252 271 2.20787 385 509 358
20h_hh_not_1 20 hh_not 1 1180 249 2.24457 352 484 344
20h_hh_not_2 20 hh_not 1 1211 254 2.2533 398 507 306