Table S1. Information on the large data set from sibling embryos used for the quantitative analysis.
Embryo index
Fix. time (h)
Probes
Measured?
L
AP
(um)
L
Pp
(um)
S_index
L
H
(um)
L
T
(um)
L
O
(um)
DNA (blue)
hh (green)
not/ptc (red)
Merge
Intensity_profile
00h_hh_not_1
0
hh_not
0
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0
hh_not
0
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0
hh_not
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0
hh_not
0
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0
hh_not
0
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2
hh_not
0
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2
hh_not
0
02h_hh_not_3
2
hh_not
0
02h_hh_not_4
2
hh_not
0
02h_hh_not_5
2
hh_not
0
04h_hh_not_1
4
hh_not
0
04h_hh_not_2
4
hh_not
0
04h_hh_not_3
4
hh_not
0
04h_hh_not_4
4
hh_not
0
06h_hh_not_3
6
hh_not
1
396
1240
-1.64677
49
175
172
06h_hh_not_1
6
hh_not
1
409.4
1238
-1.59643
37
239
133.4
06h_hh_not_2
6
hh_not
1
421.1
1029
-1.28901
51
219
151.1
08h_hh_not_2
8
hh_not
1
460.5
1014
-1.13878
49
210
201.5
10h_hh_not_2
10
hh_not
1
485.5
1054
-1.11833
93
221
171.5
08h_hh_not_4
8
hh_not
1
456.5
949
-1.05579
88
225
143.5
06h_hh_not_5
6
hh_not
1
534.3
1055
-0.98152
67
215
252.3
06h_hh_not_4
6
hh_not
1
472.7
929
-0.97475
62
262
148.7
08h_hh_not_5
8
hh_not
1
518.2
870
-0.74751
72
257
189.2
10h_hh_not_5
10
hh_not
1
530.3
876
-0.72412
90
203
237.3
08h_hh_not_1
8
hh_not
1
488.7
781
-0.67637
72
250
166.7
10h_hh_not_1
10
hh_not
1
521.5
812
-0.63881
87
228
206.5
12h_hh_not_5
12
hh_not
1
476.7
725
-0.6049
90
212
174.7
08h_hh_not_3
8
hh_not
1
536.3
761
-0.50486
95
257
184.3
10h_hh_not_3
10
hh_not
1
527.5
745
-0.49807
89
259
179.5
12h_hh_not_4
12
hh_not
1
488.4
658
-0.43002
90
196
202.4
10h_hh_not_4
10
hh_not
1
626
600
0.0612
133
309
184
12h_hh_not_2
12
hh_not
1
592
530
0.1596
130
256
206
12h_hh_not_1
12
hh_not
1
571
503
0.18293
162
280
129
12h_hh_not_3
12
hh_not
1
617
528
0.22473
129
288
200
14h_hh_not_4
14
hh_not
1
699
430
0.70096
197
310
192
14h_hh_not_5
14
hh_not
1
757
451
0.74717
197
284
276
14h_hh_not_3
14
hh_not
1
731
427
0.77564
187
308
236
16h_hh_not_4
16
hh_not
1
738
402
0.87643
218
300
220
16h_hh_not_5
16
hh_not
1
755
405
0.89855
214
324
217
14h_hh_not_1
14
hh_not
1
780
407
0.93845
233
312
235
14h_hh_not_2
14
hh_not
1
772
382
1.01503
224
345
203
16h_hh_not_2
16
hh_not
1
814
362
1.16904
210
336
268
16h_hh_not_3
16
hh_not
1
906
351
1.36804
276
366
264
18h_hh_not_5
18
hh_not
1
964
364
1.40509
286
407
271
16h_hh_not_1
16
hh_not
1
931
337
1.46603
282
397
252
18h_hh_not_1
18
hh_not
1
945
273
1.79141
300
395
250
18h_hh_not_2
18
hh_not
1
1004
275
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319
395
290
20h_hh_not_3
20
hh_not
1
1095
299
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312
438
345
18h_hh_not_4
18
hh_not
1
1007
262
1.94242
339
399
269
18h_hh_not_3
18
hh_not
1
1098
269
2.0292
369
468
261
20h_hh_not_4
20
hh_not
1
1062
254
2.06388
333
431
298
20h_hh_not_5
20
hh_not
1
1252
271
2.20787
385
509
358
20h_hh_not_1
20
hh_not
1
1180
249
2.24457
352
484
344
20h_hh_not_2
20
hh_not
1
1211
254
2.2533
398
507
306
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0
hh_ptc
0
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0
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0
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2
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0
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2
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0
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2
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0
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2
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0
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hh_ptc
0
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0
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4
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0
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4
hh_ptc
0
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4
hh_ptc
0
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6
hh_ptc
1
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1077
-1.6105
56
226
70.7
06h_hh_ptc_1
6
hh_ptc
1
387
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-1.37679
53
288
46
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6
hh_ptc
1
396.2
993
-1.32556
52
195
149.2
06h_hh_ptc_3
6
hh_ptc
1
393.4
970
-1.30199
53
192
148.4
10h_hh_ptc_5
10
hh_ptc
1
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997
-1.22437
71
241
114.7
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8
hh_ptc
1
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934
-1.13902
52
220
152.1
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8
hh_ptc
1
439.1
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-1.07022
55
234
150.1
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10
hh_ptc
1
484
819
-0.75886
74
218
192
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10
hh_ptc
1
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-0.65419
101
235
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8
hh_ptc
1
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-0.59957
89
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155.1
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8
hh_ptc
1
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-0.57171
100
263
120
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8
hh_ptc
1
524.8
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-0.42381
96
244
184.8
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10
hh_ptc
1
600
706
-0.23471
128
262
210
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12
hh_ptc
1
529
581
-0.13527
125
239
165
12h_hh_ptc_3
12
hh_ptc
1
528
569
-0.10789
94
253
181
10h_hh_ptc_3
10
hh_ptc
1
550
580
-0.07662
142
271
137
12h_hh_ptc_2
12
hh_ptc
1
590
537
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132
261
197
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12
hh_ptc
1
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145
241
201
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14
hh_ptc
1
593
468
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146
266
181
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12
hh_ptc
1
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478
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170
281
157
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14
hh_ptc
1
641
487
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159
277
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16h_hh_ptc_2
16
hh_ptc
1
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428
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312
179
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14
hh_ptc
1
666
418
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176
284
206
14h_hh_ptc_4
14
hh_ptc
1
717
415
0.78886
196
303
218
16h_hh_ptc_4
16
hh_ptc
1
903
333
1.4392
288
360
255
14h_hh_ptc_3
14
hh_ptc
1
859
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1.46111
272
369
218
20h_hh_ptc_3
20
hh_ptc
1
903
326
1.46985
270
372
261
16h_hh_ptc_1
16
hh_ptc
1
904
310
1.54405
289
377
238
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18
hh_ptc
1
968
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1.70941
296
390
282
16h_hh_ptc_5
16
hh_ptc
1
992
302
1.71579
326
386
280
16h_hh_ptc_3
16
hh_ptc
1
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276
1.81777
300
408
265
18h_hh_ptc_4
18
hh_ptc
1
971
272
1.83586
306
416
249
18h_hh_ptc_1
18
hh_ptc
1
1029
279
1.88291
323
417
289
18h_hh_ptc_5
18
hh_ptc
1
1038
280
1.89031
334
409
295
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20
hh_ptc
1
1017
268
1.92401
328
422
267
18h_hh_ptc_3
18
hh_ptc
1
1013
258
1.97319
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280
20h_hh_ptc_4
20
hh_ptc
1
1068
260
2.03833
352
420
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20h_hh_ptc_1
20
hh_ptc
1
1065
250
2.09085
354
476
239
20h_hh_ptc_5
20
hh_ptc
1
1099
239
2.20111
384
438
277